Карьера Дэнни Бойла началась с должности арт-директора Королевского придворного театра, на которой он проработал с 1982 по 1985 год и затем ещё два года — заместителем директора. Позже в 1980-х Бойл выступил режиссёром двух эпизодов успешного британского сериала «Инспектор Морс» по романам Колина Декстера.
Режиссёрским дебютом Дэнни Бойла в полнометражном кино стал триллер «Неглубокая могила» (1994) с Эваном Макгрегором, получивший положительные отзывы критики и имевший коммерческий успех. Широкую известность Бойлу принёс его следующий фильм «На игле» (1996), снятый по одноимённому роману Ирвина Уэлша.
Затем после проходного фильма «Жизнь хуже обычной» (1997), Бойлу доверили снять «Пляж» (2000) с Леонардо ди Каприо в главной роли. Несмотря на большие ожидания, фильм с 50-миллионным бюджетом был встречен довольно прохладно.
Следующей прорывной точкой для Бойла стал малобюджетный триллер «28 дней спустя» (2002), в котором Бойл впервые развернул жанр зомботриллера, ранее существовавший в узких рамках трэша, до полноценного артхаусного постапокалипсиса. Фильм с успехом прошёл в прокате, в 2007 году было снято продолжение «28 недель спустя», в создании которого Бойл принимал активное участие в качестве исполнительного продюсера, а режиссёром выступил испанец Хуан Карлос Фреснадильо.
За «28 дней спустя» последовали криминальная комедия «Миллионы» (2004) и фантастический фильм «Пекло» (2007) с Киллианом Мёрфи.
Всемирную славу Дэнни Бойлу принёсла вышедшая в 2008 году индийская медодрама «Миллионер из трущоб», получившая восемь премий «Оскар», в том числе как лучший фильм и за лучшую режиссуру.
В конце 2010 года на экраны вышел следующий фильм Бойла — основанная на реальных событиях выживальческая драма «127 часов» с Джеймсом Франко в главной роли.
