Мартину Скорсезе долго не везло с «Оскарами», он шесть раз номинировался на премию Американской киноакадемии, но ни разу не получал её. В 2005 году режиссёр с фильмом «Авиатор» проиграл обе главных номинации Клинту Иствуду и его «Малышке на миллион», в 2003 «Банды Нью-Йорка» проиграли «Чикаго» номинацию «лучший фильм» и «Пианисту» — лучший режиссёр. В 2006-ом наступил реванш: обе главные награды — лучший фильм и лучшая режиссура — достались Мартину Скорсезе за фильм «Отступники» с Леонардо ди Каприо и Мэттом Дэймоном в главных ролях.
Среди других наград режиссера — две премии BAFTA («Славные парни» (1990) — за лучший фильм и лучшую режиссуру), 7 номинаций на «Золотой глобус» (две победы за лучшую режиссуру фильмов «Отступники» и «Банды Нью-Йорка»), одна Золотая пальмовая ветвь Канн («Таксист», 1976), Серебряная пальмовая ветвь за режиссуру («После работы», 1985), 7 раз номинировался на премию Американской гильдии режиссёров (один раз выиграл — за «Отступников»).