Джон Кристофер Депп Второй родился 9 июня 1963 года в Овенсборо, Кентукки. В его жилах течёт кровь индейцев чероки, ирландцев и немцев. Его отец, Джон Кристофер Депп Старший, работал городским инженером, а его мать, Бетти Сью Палмер — официанткой. У него две сестры — Дебби и Кисти, и брат Дэниел. Кончина дедушки, с которым мальчик провёл детство, негативно повлияла на психику ребёнка. Тяжело Депп пережил переезд во Флориду. С 12 лет он начал курить, а вскоре и употреблять наркотики. Когда ему было 15 лет, его родители развелись. Именно тогда Джонни Депп увлёкся музыкой. Мать подарила Деппу гитару. Вскоре он вступил в группу The Kids, выступавшую во флоридских ночных клубах. В возрасте 16 лет Депп бросил школу, желая посвятить свою жизнь музыке. В поисках удачи группа переехала в Лос-Анджелес.
В 20 лет Депп женился на гримёрше Лори Анне Алисон, которая была на пять лет старше его и скоторой они развелись через два года. Она познакомила Джонни с Николасом Кейджем. Кейдж уговорил Деппа встретиться с его агентом, которая устроила ему пробы на роль в фильме «Кошмар на улице Вязов», что и стало первой актёрской работой Деппа. Депп появился в ряде телевизионных шоу, а также в фильме Оливера Стоуна «Взвод» в роли переводчика. Однако в финальном варианте почти все сцены с его участием были вырезаны. Молодёжный сериал «Джамп-Стрит, 21» подарил Джонни Деппу статус кумира девочек-подростков, который он терпеть не мог и всеми силами пытался от него избавиться. Помогла ему в этом встреча с Тимом Бёртоном, многолетнее сотрудничество с которым началось с фильма «Эдвард руки-ножницы». За этот же фильм актёр получил первую из семи номинаций на «Золотой глобус» (выиграл он их лишь однажды — за роли в «Суини Тодде»). Также у Джонни три номинации за «Оскар» («Суини Тодд», ПКМ-1, «Волшебная страна»).
В разное время Джонни много лет встречался с Вайноной Райдер, Шерилин Фенн и Кейт Мосс, однако окончательным его выбором стала певица Ванесса Паради, с которой они в итоге собрались пожениться лишь в 2009 году. У них двое детей: Лили Роуз Мелоди Депп (1999) и Джон Кристофер Джек Депп Третий (2002).
